2026年のMLBドラフトにおいて、２巡目（全体40位）までに指名された全選手の一覧を紹介する。
各球団が指名選手と契約を結ぶ期限は、27日午後５時（日本時間28日午前6時）に設定されている。ただし、大学でのプレー資格をすでに終えた選手については例外となり、翌年のドラフト開催１週間前までいつでも契約が可能である。
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１. ホワイトソックス：ロック・チョロウスキー（21）、遊撃手、UCLA（カリフォルニア大ロサンゼルス校）
指名枠の契約金目安：1135万600ドル（約18億4408万円）
契約金：1035万ドル（約16億8152万円）
チョロウスキーはホワイトソックスと合意し、ドラフト史上最高額の契約金を手にする。目安を約100万ドル（約1億6246万円）下回るこの契約は、2024年の１巡目指名選手であるチェイス・バーンズ（23＝レッズ）とチャーリー・コンドン（23＝ロッキーズ）がそれぞれ契約した930万ドル（約15億1093万円）を上回る。トロイ・トロウィツキー（ロッキーズから2005年1巡目、全体7位指名）以来最高の大学遊撃手と評され、傑出した守備力を筆頭に４つのツール（打撃、長打力、肩、守備）で60以上の評価（20〜80で採点）を受けている。UCLAでの３年目のシーズンは、60試合でOPS 1.088を記録し、21本塁打を放った。
２. レイズ：グレイディ・エマーソン（18）、遊撃手、フォートワース・クリスチャン高（テキサス州）
指名枠の契約金目安：1050万7000ドル（約17億703万円）
契約金：未定
３. ツインズ：バーン・ラッキー（21）、捕手、ジョージア工科大
指名枠の契約金目安：974万100ドル（約15億8243万円）
契約金：未定
ツインズのドラフト契約トラッカー
４. ジャイアンツ：ジャクソン・フローラ（21）、右腕、カリフォルニア大サンタバーバラ校
指名枠の契約金目安：898万8400ドル（約14億6030万円）
契約金：未定
５．パイレーツ：デレク・キュリエル、外野手、LSU（ルイジアナ州立大）
指名枠の契約金目安：833万6500ドル（約13億5385万円）
契約金：未定
６．ロイヤルズ：ザイオン・ローズ、外野手、ルイビル大
指名枠の契約金目安：774万6100ドル（約12億5797万円）
契約金：未定
７．オリオールズ：エリック・ブースJr.、外野手、オークグローブ高（ミシシッピ州）
指名枠の契約金目安：732万7200ドル（約11億8994万円）
契約金：未定
８．アスレチックス：ドリュー・バレス、外野手、ジョージア工科大
指名枠の契約金目安：698万2600ドル（約11億3397万円）
契約金：未定
９．ブレーブス：AJ・グラシア、外野手、バージニア大
指名枠の契約金目安：667万5300ドル（約10億8407万円）
契約金：399万7500ドル（約6億4919万円）
ブレーブスはグラシアと指名枠の契約金目安を下回る額で合意し、資金を節約した。ドラフトのプロスペクト・ランキングで19位のグラシアは、キャバリアーズでの唯一のシーズンにおいて56試合に出場し、キャリアハイの打率.354、OPS 1.121を記録した。14本塁打と15二塁打も記録している。
10．ロッキーズ：タイラー・ベル、遊撃手、ケンタッキー大
指名枠の契約金目安：639万3100ドル（約10億3824万円）
契約金：未定
11．ナショナルズ：クリス・ハコピアン、二塁手、テキサスA&M大
指名枠の契約金目安：613万3500ドル（約9億9608万円）
契約金：未定
12．エンゼルス：ジャレッド・グラインドリンガー、外野手、ハンティントンビーチ高（カリフォルニア州）
指名枠の契約金目安：588万9300ドル（約9億5642万円）
契約金：未定
13．カージナルス：トレバー・コンドン、外野手、エトワ高（ジョージア州）
指名枠の契約金目安：566万1300ドル（約9億1940万円）
契約金：未定
14．マーリンズ：ジェイコブ・ロンバード、遊撃手、ガリバープレップ高（フロリダ州）
指名枠の契約金目安：544万4900ドル（約8億8425万円）
契約金：未定
15．ダイヤモンドバックス：ライダー・ヘルフリック、捕手、アーカンソー大
指名枠の契約金目安：524万1000ドル（約8億5114万円）
契約金：未定
16．レンジャーズ：ジオ・ロハス、左腕、マージョリー・ストーンマン・ダグラス高（フロリダ州）
指名枠の契約金目安：505万1900ドル（約8億2043万円）
契約金：未定
17．アストロズ：ローガン・ヒューズ、外野手、テキサス工科大
指名枠の契約金目安：486万8600ドル（約7億9066万円）
契約金：未定
18．レッズ：ジャスティン・レブロン、遊撃手、アラバマ大
指名枠の契約金目安：469万5500ドル（約7億6255万円）
契約金：未定
19．ガーディアンズ：リアム・ピーターソン、右腕、フロリダ大
指名枠の契約金目安：453万500ドル（約7億3575万円）
契約金：未定
20．レッドソックス：ジェイク・シャフナー、遊撃手、ノースカロライナ大
指名枠の契約金目安：437万3900ドル（約7億1032万円）
契約金：未定
21．パドレス：コールマン・ボースウィック、右腕、サウスウォルトン高（フロリダ州）
指名枠の契約金目安：422万4700ドル（約6億8609万円）
契約金：未定
22．タイガース：キャメロン・フルーキー、右腕、コースタルカロライナ大
指名枠の契約金目安：408万2700ドル（約6億6303万円）
契約金：未定
23．カブス：ケイド・タウンゼンド、右腕、ミシシッピ大
指名枠の契約金目安：394万7600ドル（約6億4109万円）
契約金：未定
24．マリナーズ：エース・リース、三塁手、ミシシッピ州立大
指名枠の契約金目安：381万8700ドル（約6億2039万円）
契約金：350万ドル（約5億6861万円）
マリナーズはリースと指名枠の契約金目安をわずかに下回る額で合意した。投手の指名と育成に定評のあるマリナーズは、6フィート4インチ（約193センチ）の体格に強烈な長打力を秘めるミシシッピ州立大の三塁手を選び、異なる方向性を示した。リースは今季、NCAA（全米大学体育協会）でトップ10に入る24本塁打を放ち、ブルドッグスでの2年間で計45本塁打を記録した。
25．ブリュワーズ：トレイ・エベル、遊撃手、コロナ高（カリフォルニア州）
指名枠の契約金目安：369万6000ドル（約6億45万円）
契約金：未定
26．ブレーブス（PPI）：カーター・ベック、外野手、インディアナ州立大
指名枠の契約金目安：357万8800ドル（約5億8141万円）
契約金：268万4100ドル（約4億3606万円）
2度目の1巡目指名でも、再び目安を下回る額で契約した。ドラフトのプロスペクト・ランキング総合250位のうち193位に評価されているベックは、ミズーリバレー・カンファレンスにおいてジョー・カーター最優秀選手賞を受賞した。左の強打者は、3年生のシーズンに長打35本、打率.346、出塁率.446、長打率.637を記録した。
27．メッツ：カーソン・ウィギンス、右腕、アーカンソー大
指名枠の契約金目安：346万6500ドル（約5億6317万円）
契約金：未定
28．アストロズ（PPI）：ジャック・ラデル、右腕、ノートルダム大
指名枠の契約金目安：336万3600ドル（約5億4645万円）
契約金：未定
戦力均衡ラウンドA
29．ジャイアンツ：カーソン・ボレモン、左腕、サウスサイド・クリスチャン高（サウスカロライナ州）
指名枠の契約金目安：327万200ドル（約5億3128万円）
契約金：未定
30．ロイヤルズ：テイラー・レイブ、右腕、ミシシッピ大
指名枠の契約金目安：319万500ドル（約5億1833万円）
契約金：未定
31．ダイヤモンドバックス：ブレイク・ブライアント、右腕、シチズンズ・クリスチャン高（ジョージア州）
指名枠の契約金目安：311万8300ドル（約5億660万円）
契約金：未定
32．カージナルス：ティーガン・クーンズ、右腕、テネシー大
指名枠の契約金目安：304万4600ドル（約4億9463万円）
契約金：未定
33．レイズ：タジ・マルシャン、遊撃手、ジェームズ・アイランド高（サウスカロライナ州）
指名枠の契約金目安：297万200ドル（約4億8254万円）
契約金：未定
34．ホワイトソックス：ランドン・トーム、遊撃手、ナザレス・アカデミー高（イリニョイ州）
指名枠の契約金目安：289万7400ドル（約4億7071万円）
契約金：未定
35．ヤンキース：ハンター・ディーツ、左腕、アーカンソー大
指名枠の契約金目安：282万6700ドル（約4億5923万円）
契約金：249万7500ドル（約4億574万円）
球団の国内アマチュアスカウト担当副社長であるデーモン・オッペンハイマー氏によると、ヤンキースはディーツと契約を合意した。ディーツはアーカンソー大での最初の2シーズンはほとんど登板しなかったが、2026年シーズンは85回2/3を投げて131奪三振を記録し、注目を集めた。NCAAリージョナルでの14奪三振の快投がその締めくくりとなった。
36．フィリーズ：タイラー・スパングラー、遊撃手、デ・ラ・サール高（カリフォルニア州）
指名枠の契約金目安：275万8800ドル（約4億4819万円）
契約金：未定
37．ロッキーズ：ダニエル・ジャクソン、捕手、ジョージア大
指名枠の契約金目安：269万6700ドル（約4億3811万円）
契約金：未定
38．ロッキーズ：ローガン・レデマン、右腕、UCLA（カリフォルニア大ロサンゼルス校）
指名枠の契約金目安：263万3100ドル（約4億2777万円）
契約金：未定
39．ブルージェイズ：コール・カーロン、左腕、アリゾナ州立大
指名枠の契約金目安：257万1700ドル（約4億1780万円）
契約金：未定
40．ドジャース：ボー・ローランス、遊撃手、クライスト・チャーチ・エピスコパル高（サウスカロライナ州）
指名枠の契約金目安：250万4200ドル（約4億683万円）
契約金：未定