Desde que el infielder llegó a las Grandes Ligas, tuvo un corazón filantrópico, no sólo en terreno estadounidense sino también en su natal Puerto Rico. Cuando el Huracán Fiona azotó a Puerto Rico, causando inundaciones catastróficas y dejando millones de personas sin electricidad, ni hogar, ni necesidades básicas, Francisco y su esposa Katia, entraron en acción inmediatamente asociándose con Team Ribucon para ayudarlos a ayudar a las comunidades damnificadas.

La familia Lindor ha donado US$50,000 para respaldar los esfuerzos de Team Rubicon, con la Fundación Amazin’ Mets y la Fundación Steven & Alexandra Cohen igualando su donación. El respaldo de Francisco al Team Rubicon inspiró a miles de personas a donar, lo que ha brindado ayuda a los más afectados.